如果要說水煎藥和科學中藥最大的差別，應該就在於中藥「配伍」的靈活性了。中藥藥材數量多，不同的藥材加在一起，又能產生交互作用，針對不同病症，隨時調配不同藥材的組合、比例，以期達到最大的療效。

一般人會有水藥比較科學中藥有效的迷思，主要有三點原因：第一，科學中藥處方的克數是有上限的，比起水煎藥來說，可能會有濃度不足的問題；第二，有許多少用或者特殊的中藥材其實是並沒有製做成科學中藥的，所以在醫師的調劑方面會大大的受限；第三，科學中藥是已經煎煮完成的單方或複方堆疊調劑，而水煎藥則是各種藥材一同煎煮，所以療效上是否相同在中醫界也有所爭議。不過以一般的小感冒、腸胃炎等等病症來說，使用科學中藥已經綽綽有餘。

煎藥治重病，藥粉治輕症，藥丸主調養

最簡單的分野就是：水煎劑是治療大病、急症、重症的首選，因為水藥的濃度高、吸收快效果強；散者，就類似目前所使用的科學中藥粉，是治療急病用的，像是一般感冒、腸胃炎就可以用散劑治療；而「丸者，緩也」如果是需要長期服用調理體質的中藥，通常會選擇用丸劑代表效果溫和而持久。